Océanographe de renom, Jim veut à tout prix protéger Umi et Sora, les deux enfants de la mer élevés par les dugongs, des mammifères marins menacés de disparition. Son inquiétude grandit avec la fuite de Sora. Ruka, la fille de Jim, soutient Umi et part avec lui à la recherche de Sora.